נולד בשנת 1480 בערך בסברוזה שבפורטוגל. היה בן למשפחת אצילים והתחנך בחצרו של המלך. היה הספן הראשון שהקיף את כדה”א ונחשב לאחד הגדולים והאמיצים שבמגלי הארצות.
אוניות המפרשים שבזמנו היו קטנות כ”כ, שהיו תלויות ברוח ולא היו זזות בלעדיה, וכדי לערוך באוניות כאלה מסע ארוך כמו זה שעשה מגלן, היו דרושים עוז רוח ורצון חזק.
בגיל 25 היה לחייל ולספן והצטיין במלחמת הפורטוגלים מול המאורים במרוקו.
אך כשהחל להתעניין בגיאוגרפיה, הגיע למסקנה כי אפשר להגיע לאיי הודו המזרחית ע”י חתירה מערבה. כאשר הציע את תוכניתו למלך פורטוגל, קיבל אותה בקרירות, אך כשפנה למלך ספרד הצעתו התקבלה והמלך העמיד לרשותו 5 אוניות ו-265 מלחים.
אוניותיו הצליחו להפליג מספרד לאמריקה הדרומית, ומשם למערב אמריקה למרות מזג האוויר הסוער והמחסור במזון; אנשים התחילו להתמרד ורצו לחזור לארצם, אך מגלן דיכא את המרד והכריז כי ימשיך להדרים, “גם אם יצטרכו לאכול את רצועות העור של המפרשים”. ואכן, רבים מן אנשי הצוות מתו מרעב. אבל, באוקטובר 1520, הגיעו אוניותיו של מגלן לקצה הדרומי של אמריקה הדרומית. הם פילסו דרך בין מאות איים קטנים ונחשולים משתוללים והגיעו לאוקיינוס שמעבר לחופיה המערביים של אמריקה. למעבר הזה קוראים “מיצר מגלן”, ע”ש פרדיננד מגלן.
חלק מאנשיו של מגלן חשבו שצריך לחזור למולדת ולהצטייד במזון, וכשלא הסכים, ברחו עם אחת האוניות חזרה לספרד. אוניה אחת נשברה במעבר במיצר הסוער והמסוכן, ומגלן נשאר רק עם 3 אוניות ומעט מאוד מזון.
מימי האוקיינוס היו שקטים, ולכן מגלן קרא לאוקיינוס זה “האוקיינוס השקט”. הוא היה גדול כ”כ, שבמשך 98 יום חתרו מבלי להגיע לשום חוף! בינתיים, אצלו לגמרי המזון והשתייה, רבים מתו והיה ייאוש כללי. למזלם, הם הגיעו לאיים פוריים, שהיום ידועים בשם “איי מריינה”. שם נחו, הצטיידו במזון ומים והמשיכו מערבה עד לאיי הפיליפינים. שם, באחד האיים, האי סבור, התיידד מגלן עם המלך שהבטיח לקבל את הדת הנוצרית, אך ביקש עזרה במלחמות עם ילידי אי אחר, שנקרא מקטן. המלחמה הייתה קשה במיוחד. ציוותו של מגלן ניסה לברוח לאוניות, אך הילידים ירו לעברם חיצים. מגלן נפצע פצעי- מוות, ורבים מאנשיו נשבו בידי הילידים.
אחד הקצינים, סבסטיאן דה אלקנו הנהיג את שארית הצוות חזרה לספרד בתאריך ה-8 בספטמבר 1522, והגיעו רק באונייה אחת, 31 איש בלבד. ולמרות שנהרג בדרך, נחשב מגלן לספן הראשון שהקיף את כדור- הארץ.